Seguridad alimentaria, un criador a la vez
Kidist Kibret: Por qué elegí el cultivo de plantas
En algún momento de su vida, nuestro personal de apoyo eligió la ciencia de las plantas como opción profesional. Y para Kidist Kibret esto es evidente. Su elección se produjo a una edad temprana en una granja familiar. Rápidamente decidió participar en la lucha contra la escasez de alimentos y en la mejora de la seguridad alimentaria buscando formas de reducir las pérdidas de las cosechas. A continuación se muestra su progreso desde escuchar las preocupaciones de la familia a ser galardonado con un doctorado en Ciencias Botánicas y Fitomejoramiento.
Kidist nació en Addis Abeba, la capital de Etiopía, y también ha vivido en el Reino Unido, Alemania y Canadá.
Mentes brillantes
En Agronomix Software, no sólo contamos con los mejores cerebros entre bastidores que hacen de Genovix®el la solución de software de mejora vegetal definitiva . Pero también el personal más apasionado que está dispuesto a darlo todo en beneficio de los fitomejoradores de todo el mundo. Los fitomejoradores de todo el mundo comparten una misión común: mejorar la seguridad alimentaria. Kidist Kibret, fitomejorador y nuestro bioinformático y profesional del software de mejora, es una de las personas que hacen que Agronomix sea excepcional. Como fitomejoradora, ella también quiere ver una mayor seguridad alimentaria a largo plazo, un mejorador a la vez.
En enero de 2021 Kidist compartió su experiencia en bioinformática en una entrevista con Shawn Brook, Presidente de Seed World.
Cómo empezó todo…
Para Kidist, todo comenzó en sus años de formación. Vivía con sus abuelos, que tenían una plantación, una granja y un jardín en su recinto en Etiopía. Todos los años, oía a sus parientes del campo quejarse de algún tipo de pérdida de cosecha. Fue en esos años que se dijo a sí misma « No quiero volver a oír hablar del fracaso de las cosechas «. Ese fue un momento crucial para ella. Su objetivo era mejorar la seguridad alimentaria para todos.
Kidist obtuvo un B.Sc. en la Universidad de Alemaya en Ciencias de las Plantas Agrícolas, lo que le llevó a obtener una beca para el programa de Master en Genética Aplicada, Ciencias de los Cultivos en la Universidad de Nottingham, Reino Unido. Completó un doctorado en Ciencias Botánicas y Mejora de Plantas en la Universidad Justus Liebig de Giessen, Alemania, en 2017. Su tesis fue un análisis del vigor de las plántulas y la tolerancia al estrés osmótico en la colza. Hizo su investigación postdoctoral en la Universidad de Manitoba, Canadá en Agricultura Orgánica.
Su amor por las ciencias vegetales sigue creciendo. Lleva desde su juventud en el camino de hacer realidad su sueño de erradicar las malas cosechas. Kidist admite que era conocida como la «friki de su clase», un término que suele aplicarse para describir a los alumnos más inteligentes y apasionados del grupo. Sin embargo, encontró la manera de fusionar su amor por la tecnología con las ciencias vegetales. Kidist es el cerebro detrás del módulo BIOINFORMATICS de nuestro software de cultivo de plantas Genovix.
Desafíos que se presentan
Para Kidist, uno de los mayores retos a los que se enfrentó durante sus años escolares fue el proceso de inmigración. Esto se tradujo en el aprendizaje de nuevas culturas y en la superación de las barreras lingüísticas. Lo que parecía un reto en aquel momento puede verse como una plataforma de lanzamiento hacia donde está hoy. La capacidad de adaptación de Kidists como inmigrante en tres países diferentes le dio la visión y los conocimientos necesarios para apoyar a los fitomejoradores de diferentes partes del mundo. Como profesional del software de mejora genética, Kidist tiene el honor de apoyar a los fitomejoradores de todo el mundo. Un trabajo que hace excepcionalmente bien. Sus habilidades comunicativas y relacionales complementan sus habilidades técnicas.
Seguridad alimentaria mediante el software Agronomix
Las funciones de los chavales en el software de Agronomix varían a lo largo del recorrido del cliente. Ofrece demostraciones de Genovix a los nuevos interesados. A continuación, les ayuda en el proceso de implantación como nuevo cliente, poniendo en marcha su flujo de trabajo en Genovix. Ayuda a probar el software y escribe la documentación. Su lado «geek» también está bien ejercitado, es la responsable de desarrollar e integrar nuestros paquetes R en Genovix. Además, colabora estrechamente con nuestros desarrolladores para seguir mejorando el módulo de Bioinformática.
Kidist está agradecido por la oportunidad que le ha brindado Agronomix. Aquí está cumpliendo su misión de reducir las pérdidas de cosechas y mejorar la seguridad alimentaria… un criador a la vez. Los testimonios de los clientes con los que Kidist ha prestado apoyo van de «excelente» a «sobresaliente». Tenemos una apasionante misión compartida: aumentar la seguridad alimentaria mejorando la selección de cultivos y la producción para miles de millones de vidas.
Documentos y publicaciones
2007-2012
Desde que trabajé en proyectos de tesis desde 2007, terminé mi doctorado en 2017 y mi postdoctorado en 2019, llegué a experimentar el rápido desarrollo del análisis de datos OMICS a gran escala en el cultivo de plantas. Aquí desgloso mis tesis y publicaciones por épocas.
La era de la citogenética y los marcadores a pequeña escala con AFLP, microsatélites, DART y secuenciación de Sanger. Durante este tiempo, tuve la oportunidad de trabajar en cultivos africanos infrautilizados. Estas tecnologías siguen siendo útiles, pero están siendo rápidamente sustituidas por la reducción de costes de la secuenciación de nueva generación. Conocí esta nueva tecnología gracias a mis cursos en la Universidad de Nottingham y quise hacer mi doctorado en este campo.
Publicaciones
- Tesis: Cantidad de ADN nuclear y estructura genética del ñame. 2012, Universidad de Nottingham, Reino Unido.
- Capítulo del libro: Kibret, 2021. El potencial de los cultivos africanos olvidados y huérfanos en el aumento de la seguridad alimentaria africana. En: Food Security and Safety African Perspectives, Babalola, Olubukola Oluranti (Ed.). DOI. 10.1007/978-3-030-50672-8. Páginas 43-62.
2013-2019
La era de la secuenciación de nueva generación. Illumina, fue la primera en irrumpir en la industria del cultivo de plantas. Y en 2013 obtuve 3GB de secuencias, datos de ensayos de campo, perfil de metabolitos de Canola y Brassica rapa élite y diversas líneas de varias empresas de mejoramiento en Europa como mi proyecto de doctorado. En aquel momento, no había herramientas bioinformáticas para analizar los datos masivos, y tuve que ingeniármelas. Adopté la programación R y los guiones Shell de la genética humana y lo adapté al cultivo poliploide.
Durante mi proyecto de postdoctorado en la Universidad de Nottingham, pude ser testigo de los avances en la secuenciación de nueva generación de PacBio cuando obtuve las secuencias FASTA directamente de la empresa, y ellos hicieron todos los filtros de calidad. Esto me ahorró mucho tiempo en el análisis de datos. El proyecto terminó con una patente, y actualmente está en proceso de ser comercializado por lo que no puedo describir todos los detalles.
Publicaciones
- Tesis: Análisis biológico de sistemas sobre el vigor de las plántulas y la tolerancia al estrés osmótico en la colza (Brassica napus L., Brassicaceae). 2017, Universidad de Giessen, Alemania.
- Artículo: La Brassica rapa tolerante a la sequía muestra una rápida expresión de las redes de genes para las respuestas generales al estrés y la muerte celular programada bajo estrés por sequía simulado. 2017, Plant Molecular Biology Reporter 35: 416-430
2020-2021
Participé en el desarrollo del módulo de Bioinformática en Agronomix Software. La programación estadística R es cada vez más popular en el análisis bioinformático. Así que decidí publicar los scripts de R de mi tesis doctoral como un paquete de R. I am also working on a review paper about current best practices to integrate genomic tools to plant breeding. También estoy trabajando en un documento de revisión sobre las mejores prácticas actuales para integrar las herramientas genómicas al mejoramiento vegetal.
Publicaciones
- Reimpresión: SysBioCrops: An R package for Systems Biological Analysis of Complex Plant Genomes.
- En revisión: Mejores prácticas para integrar las herramientas genómicas en los programas de fitomejoramiento.
